El punto de partida para COAMA fue la respuesta de las ONGs (sociedad civil) a los procesos de afirmación territorial de los Pueblos Indígenas y a las peticiones de apoyo formuladas por sus autoridades tradicionales en la Amazonia colombiana. La propuesta inicial de COAMA fue presentada y discutida ante cada comunidad y las autoridades que solicitaron el apoyo, con el propósito de adaptarla a las particularidades sociales y culturales de cada región.. Desde entonces, las comunidades y sus autoridades tradicionales han sido los socios (contrapartes-partners) de las Fundaciones que hacen parte del Programa COAMA.

Durante los 1990s cuando la UE inicio la financiación de COAMA, la metodología aplicada fue asesorar y apoyar financieramente, a las comunidades indígenas y a las iniciativas de las organizaciones. En primera instancia, las comunidades indígenas definen sus iniciativas y las Fundaciones las apoyan de diferentes maneras, y luego COAMA presenta los proyectos concertados a la UE y otros financiadores para brindar apoyo de las iniciativas indígenas. En todos los casos, los fondos para la asesoría no son solicitados en el nombre de los Pueblos Indígenas, ni para ser transferidos directamente a ellos.

En el caso de los Microproyectos, proyectos comunitarios (financiados por EC-DGVIII), los fondos solicitados por las comunidades fueron depositados en una cuenta bancaria a su nombre y ellos los manejaron independientemente de la asesoría de la Fundación Gaia-COAMA. De esta manera, COAMA apoyó más de 100 Microproyectos en diferentes regiones de la Amazonia. Con el tiempo algunas organizaciones solicitaron el manejo autónomo de sumas mayores. Esto fue cuando la Fundación Gaia-COAMA cooperó con las organizaciones indígenas para obtener el apoyo directamente por parte de la UICN-Países Bajos. Esta tendencia al fortalecimiento institucional y al manejo administrativo de los recursos de la cooperación internacional por parte de algunas organizaciones indígenas continúa en la actualidad.

Participación Indígena en los procesos de evaluación

El desarrollo de los proyectos, se evalúa colectiva y periódicamente con las comunidades y autoridades indígenas, en las malocas así como con las autoridades de las Asociaciones. Esta clase de la evaluación no se lleva a cabo a nivel institucional, pero si en diálogos en los espacios indígenas tradicionales. El curso del proyecto también es discutido y redefinido en los congresos regionales y en reuniones con los líderes de acuerdo con los procesos organizativos. Es en estas instancias de gobernabilidad indígena donde las iniciativas locales y regionales han sido concebidas y elaboradas por las mismas comunidades indígenas; precisamente estos criterios y puntos de vista trazados por las comunidades y autoridades indígenas continúan orientando la definición de cada etapa del programa COAMA. La discusión sistemática de las propuestas indígenas, llevada a cabo por las autoridades y las directivas de las Fundaciones que hacen parte de COAMA siempre han sido la base para la formulación de proyectos para la asesoría y acompañamiento por parte de COAMA, y la firma de convenios para su ejecución. Esta dinámica responde a la solicitud de las comunidades y autoridades y constituye la metodología para la cooperación y participación que ha funcionado exitosamente en las regiones de la Amazonia donde COAMA ha sido invitado.

Participación Indígena en las evaluaciones externas

Durante el trabajo de consultoría para las evaluaciones externas de COAMA I, II y III los consultores contratados por la UE visitaron las regiones en las que se desarrollan los proyectos, donde sostuvieron reuniones diurnas y nocturnas con los miembros de las comunidades y sus autoridades tradicionales, así como con líderes de las asociaciones. En cada evaluación externa la opinión expresada por las comunidades indígenas fue recogida y tomada en consideración como parte de las recomendaciones para formular la siguiente fase.

Participación Indígena en la administración y coordinación del proyecto

El programa COAMA es una red de ONGs en la que cada una tiene su propia estructura administrativa y sistema de funcionamiento. Los Pueblos Indígenas, por su parte, tienen sus propias autoridades y organizaciones conformadas de acuerdo a sus costumbres y derechos legales para desarrollar sus programas tomando sus decisiones autónomamente. Las Asociaciones, las comunidades indígenas y la Fundaciones que hacen parte de COAMA firman acuerdos de cooperación para la ejecución y seguimiento de cada uno de los proyectos e iniciativas indígenas, tanto a nivel regional como a nivel local. Las instancias concretas para la coordinación y el diálogo entre la COAMA y las Asociaciones, han sido reuniones con las juntas directivas y los líderes, además de los congresos regionales.

Conocimiento acerca de las fuentes y mecanismos de financiación

Las directivas y otros representantes de las Fundaciones de COAMA así como consultores externos que han visitado la región, han compartido su información acerca de la relación contractual y la responsabilidad de la COAMA con los donantes que proveen recursos para la asesoría y la asistencia a las iniciativas indígenas. También han sido informados acerca de las políticas de conservación de los bosques, siendo el principal objetivo de la UE para financiar los proyectos, y acerca de la estrategia propuesta por COAMA para lograr este objetivo por medio del fortalecimiento de la autonomía de las comunidades y de las organizaciones indígenas para el manejo territorial.

Respecto a los recursos destinados directamente al funcionamiento y fortalecimiento institucional las Asociaciones, inicialmente con recursos de microproyectos y después con recursos de la UICN, estos fueron transferidos directamente a cuentas de las organizaciones indígenas, que los administraron autónomamente de acuerdo a sus propios estatutos y proyectos.

Las autoridades indígenas y directivas de las Asociaciones que han visitado las oficinas de la FGA en Bogotá y Leticia han tenido libre acceso a la documentación, computadores y archivos donde toda la información acerca de estos procesos puede ser consultada; después los líderes indígenas comparten su información con las comunidades que representan.

Elección, contratación y control de los asesores

La presencia intensiva de asesores profesionales en territorio indígena responde a solicitudes explícitas hechas por las autoridades y organizaciones indígenas y constituye el prerrequisito básico para la metodología concebida y exitosamente lograda en los procesos sociales y proyectos indígenas apoyados por COAMA. Los recursos para financiar los programas de asesoramiento fueron solicitados por las ONGs, no por los Pueblos Indígenas. En algunos casos asesores profesionales indígenas (de esta región así como de otras) han sido contratados para realizar actividades relacionadas con los proyectos.

Los asesores de COAMA son contratados siguiendo los perfiles definidos con anterioridad con las autoridades indígenas y van a la región para un período de prueba, así los habitantes locales los pueden conocer en campo y ellos pueden conocer la región, la gente y el trabajo. Después de este período de campo inicial, si la persona se ha adaptado a satisfacción de las comunidades y su organización así como para las Fundaciones de COAMA, él o ella continúa trabajando, siguiendo el plan de actividades acordado. El trabajo de los asesores es constantemente discutido y evaluado por los indígenas así como por la Fundación. En muchos casos diferencias o dificultades son solucionados mediante el diálogo. En algunos casos problemas irreparables de comunicación o dedicación han causado cambios, decididos internamente por la Fundación como contratante.

Los asesores son responsables de realizar las actividades como se definieron en los objetivos y estrategias del proyecto al que fueron asignados, en coordinación con un equipo interdisciplinario y las autoridades indígenas de la región. Los asesores contratados deben entregar periódicamente informes internos sobre su trabajo de campo, donde describen y analizan sus actividades. Tales informes no incluyen información elaborada por las comunidades indígenas (mapas, textos, etc.) la cual es manejada por las propias comunidades de acuerdo con sus propias normas y estrategias. COAMA se abstiene claramente de publicarla sin la explícita autorización de los autores indígenas. Los asesores no conducen investigaciones o actividades diferentes a las acordadas entre las Asociaciones y las Fundaciones de COAMA.

Todos los reportes redactados por los asesores se encuentran en el centro de documentación de COAMA, donde las autoridades y directivas de las Asociaciones han tenido acceso a ellos.

Articulación de los procesos locales y regionales

Durante la primera y segunda fase del programa COAMA, la FGA apoyó iniciativas locales y regionales para la autoadministración indígena (Microproyectos) como una estrategia para el fortalecimiento de la capacidad para la toma de decisiones en las comunidades que concibieron, implementaron y manejaron sus propios proyectos autónomamente de acuerdo a sus prioridades, necesidades y particularidades socioculturales. Durante COAMA 3 estos proyectos lograron sus objetivos y se conectaron con el proceso de constitución del ordenamiento territorial siendo parte de él. Muchos de esos proyectos continúan funcionando después de agotar los recursos proporcionados en un principio, la idea es necesitar cada vez menos ayuda externa.

Todas las comunidades así como las Asociaciones y las Fundaciones de COAMA cumplen con sus obligaciones, acordadas en los acuerdos escritos y firmados por las tres partes. Después, la continuidad de los procesos iniciados local y regionalmente depende fundamentalmente de las comunidades y de las organizaciones indígenas. A pesar de no tener fondos adicionales disponibles para el desarrollo de proyectos nuevos, la mayoría de microproyectos continuó contribuyendo a los procesos educativos y organizacionales a nivel local así como a nivel regional.