El Ordenamiento Territorial Indígena se esta desarrollando, en la mayor parte de la región, a partir de cinco ejes fundamentales: educación, salud, medio ambiente, desarrollo socioeconómico y gobierno propio, todos necesariamente relacionados y dependientes dentro de una concepción integral del territorio. Este esfuerzo ha requerido la articulación de los sistemas de conocimiento indígena con el sistema occidental en la reconstrucción de los conceptos político-administrativos ajustados a este territorio.

En el departamento del Amazonas, no existe una gran organización indígena departamental como en los demás departamentos de la región, por el contrario se han fortalecido diferentes organizaciones de base, que desarrollan una estructura de gobierno local sobre la figura jurídica de las Asociaciones de Autoridades Tradicionales Indígenas –AATIs, las cuales se han convertido en el antecedente administrativo y político más importante para el futuro establecimiento de las ETIs en la región.

Las AATIs, surgen legalmente del artículo 56 transitorio de la Constitución Política, el cual faculta al gobierno para expedir las normas necesarias que garanticen el funcionamiento de las ETIs y su articulación con las demás entidades territoriales del Estado, mientras se expide la Ley Orgánica de Ordenamiento Territorial. Con base en estas facultades, el gobierno nacional expide el Decreto 1088 de 1993 para permitir a los Pueblos Indígenas crear AATIs, con el objeto de avanzar en la organización política y administrativa de lo que sería el gobierno de una futura ETI. De esta forma el Decreto 1088 define las AATIs como entidades públicas de carácter especial.