Los proyectos se definen al interior de cada Fundación de manera autónoma y anualmente se presentan para su aprobación financiera, tanto al director del Programa como al Comité de Coordinación de COAMA.

El programa COAMA busca apoyar la consolidación de los territorios indígenas desde diferentes áreas y enfoques, a partir del trabajo directo con las comunidades por parte de los profesionales de campo.

La metodología de trabajo se fundamenta sobre criterios de investigación y acción participativa. La complejidad y la diversidad de las situaciones exige del programa una estrategia múltiple y complementaria a nivel de: poblaciones indígenas, instituciones regionales y departamentales, consolidación de políticas nacionales y coordinación institucional y divulgación internacional de la experiencia colombiana.

Con el objeto de lograr los fines propuestos el programa COAMA ha apoyado procesos y proyectos en las áreas de: Gobierno Propio y Manejo Territorial, Educación, Salud, Proyectos Productivos, Apoyo a Pueblos Nómadas y Acompañamiento a Procesos Comunitarios en algunos Cascos Urbanos de la Región.