Con base en investigaciones arqueológicas, etnohistóricas y etnográficas, se calcula que la región Amazónica estuvo habitada por diferentes etnias indígenas que alcanzaron distintos niveles de relación con el entorno y una muy variada complejidad sociocultural, que a la llegada de los conquistadores bien podría superar los 7 millones de habitantes. En la actualidad se estima la población indígena en un número aproximado de un millón de personas pertenecientes a 82 etnias diferentes, cuya filiación macrolingüística es muy variada y compleja (por los menos 86 lenguas y 650 dialectos distintos).

En la Amazonia colombiana, los Pueblos Indígenas son en su origen y organización anteriores al descubrimiento, y han tenido que ver con el largo proceso histórico que lleva de la colonización europea, pasando por las luchas de independencia, a la conformación de la República. Este ha sido un camino difícil de resistencia y defensa cultural y territorial, pero también de aportes significativos a la cultura y a la vida nacional.

A lo largo de 500 años las selvas tropicales y las comunidades indígenas de la Amazonia colombiana han sufrido las consecuencias de diversos procesos en la región, las tempranas oleadas de colonización en el piedemonte y durante la segunda mitad del siglo XX; la extracción de caucho a comienzos de siglo y en la década de los cuarenta; la migración de campesinos huyendo de la violencia del interior del país en los años cincuenta, y la aparición de nuevos colonizadores que siguen la explotación petrolífera, aurífera, o el cultivo ilícito de la coca, han contribuido a una creciente perdida territorial de varios pueblos indígenas y por ende a un desmejoramiento de sus condiciones de vida.
     
 
 
Actualmente, según proyecciones para el 2003 realizadas por el Departamento Nacional de Estadística (DANE), se registra una población indígena de 96.261 habitantes en la Amazonia colombiana. Vaupés, Guainía y Amazonas son los tres departamentos con mayor población nativa.

La región alberga a 52 grupos étnicos distintos, quienes a su vez hablan 52 lenguas diferentes pertenecientes a 13 familias lingüísticas y 10 lenguas aisladas no clasificadas hasta el momento. Tres de estas lenguas tienen menos de 100 hablantes (Pisamira, Taiwano o Eduria y Makaguaje), 13 tienen entre 100 y 500 hablantes, 16 tienen entre 501 y 1.000 hablantes, 9 entre 1.001 y 3.000 hablantes, 2 entre 3.001 y 5.000, 6 entre 5.001 y 10.000, y una con más de 10.000 hablantes (Inga). De tres lenguas no se conoce el número de hablantes, posiblemente por tratarse de grupos nómadas (Hupdu, Juhup, Kakua). (Ver Tabla de Grupos Étnicos en la Amazonia Colombiana)

Existen más de 760 asentamientos indígenas, que se encuentran principalmente sobre los grandes ríos de la región, el Guaviare, el Vaupés, el Putumayo y el Caquetá, y sus afluentes. Otros indígenas se han radicado en o alrededor de los centros urbanos de la Amazonia colombiana como Florencia, Mocoa, Puerto Asís, San José del Guaviare, Puerto Inírida, Mitú y Leticia.

En los departamentos del Vaupés y Guainía, gran parte del departamento del Amazonas, la parte sur del departamento del Guaviare y la parte sur del departamento del Caquetá, los grupos indígenas conservan un alto grado de autonomía económica y cultural, presentándose grandes áreas de resguardos y gran densidad de asentamientos indígenas. Se caracterizan en su conjunto por mantener sus formas tradicionales de subsistencia, basadas sobre la horticultura, la pesca, la caza y la recolección de productos del bosque.(Ver Tabla de Resguardos Indígenas en la Amazonia Colombiana).