La mayor parte de la institucionalidad estatal se encuentra concentrada en los centros urbanos de los Departamentos, los cuales son enclaves de población mestiza que controla la burocracia local. Capitales como Mitú, Puerto Carreño, Leticia, Puerto Inírida y San José del Guaviare tienen la doble categoría de cabecera municipal y capital departamental, concentrado toda la administración de servicios en centros desconectados y desarticulados del territorio restante de estos departamentos, lo cuales en su mayoría no hacen parte de ningún municipio y se deben articular directamente al gobierno departamental, por medio de la figura de los corregimientos departamentales, la cual fue declarada inconstitucional por la Corte Constitucional en sentencia C-141 de 2001. De esta forma, la presencia del estado es débil y desarticulada, en la actualidad los departamentos no disponen de ninguna infraestructura administrativa para atender estos territorios.

El vacío de gobernabilidad y presencia estatal es suplido en las bases por medio de las autoridades indígenas, capitanes, autoridades tradiciones y AATIs son las únicas autoridades públicas de estos territorios, por ello ejercicios de articulación y gobernabilidad departamental como la MPCI en el departamento de Amazonas son loables y necesarios para garantizar una adecuada e integral presencia del Estado en los departamentos de la Amazonia.