La Selva Amazónica con su enorme superficie y complejidad ecosistémica, es la más importante reserva biótica existente en el mundo. Su base natural está conformada por numerosos ecosistemas disímiles que interactúan entre sí, que presentan una gran diversidad de flora y fauna y un alto grado de endemismos.

Otra dimensión no menos importante es la oferta hídrica de la Selva Amazónica, una de las mayores fuentes de agua dulce del planeta y reguladora del clima mundial. Los numerosos cuerpos de agua constituyen una de las mayores riquezas de la región, ya que allí se encuentran las cuencas del Amazonas y del Orinoco. La existencia de una estación seca y otra de lluvias, produce un gran descenso de las aguas y, a continuación, un gran ascenso que desborda sus riberas inundando grandes extensiones de bosque. Esta dinámica del sistema hídrico genera complejos ecosistemas, hábitats estacionales y cadenas alimenticias que dan sustento a una biota increíblemente diversa.

La Amazonia colombiana presenta un clima tropical con temperaturas que anualmente promedian los 24° C, con una abundante precipitación pluvial, del orden de 2.500 mm promedio al año. La fisonomía del relieve incluye altitudes entre 90 y 1.400 metros sobre el nivel del mar, producto de su historia geológica que incluye desde afloramientos rocosos del Escudo Guayanés, hasta planicies sedimentarias alomadas del Terciario y Cuaternario.
     
 
El conjunto de estas características ha permitido la existencia de una gran biodiversidad en las selvas amazónicas. Sin embargo, sus suelos son muy pobres en nutrientes, lo que sumado a las fuertes lluvias y a las altas temperaturas, le confieren también una gran fragilidad. El rompimiento de la dinámica natural de los ecosistemas para actividades agropecuarias, de extracción de maderas o de explotación minera de manera intensiva, causa la compactación, erosión y contaminación de los suelos, dificultando o evitando la regeneración de la vegetación y por lo tanto de los ecosistemas.

Gracias a que la Amazonia colombiana está relativamente bien conservada, el país es considerado como megadiverso: posee el 10% de la biodiversidad mundial en tan solo el 0,7% de la superficie terrestre. Se estima que en el territorio nacional existen entre 45.000 y 55.000 especies de plantas, 1.762 de aves, 583 de anfibios, 506 de reptiles y 454 de mamíferos (Andrade, 2001); los peces aún son poco conocidos, sin embargo algunos autores reportan aproximadamente 2.900 especies. Aunque no existen estudios concretos que permitan cuantificar realmente la diversidad de la Amazonia colombiana, Morales (1979) calculó que, con relación al total nacional, en esta región se encuentra el 70% de mamíferos (Aprox. 317 especies), 35% de aves (Aprox. 616 especies), 51% de reptiles (Cerca de 258 especies), 40% de anfibios (Aprox. 233 especies) y 70 % de peces continentales. Estas cifras pueden subestimar la diversidad faunística de la Amazonia colombiana, ya que estudios posteriores han arrojado estimaciones mayores. Respecto a la flora, se estima que esta región alberga más de 25.000 especies.

Esta considerable biodiversidad es el resultado de procesos geológicos, geo-morfológicos, condiciones climáticas y a la intervención de las culturas indígenas que han habitado la región por miles de años.